根据财税[2012]15 号的相关规定，企业发生的二项费用是在增值税应纳税额中抵减，而不是完全作为进项税抵减。企业在进行增值税申报时，二项费用也是在“本期应纳税额减征额” 一栏中填列。
根据财会[2012]13号文的规定，一般纳税人应在“应交税费——应交增值税”科目下增设“减免税款”专栏，用于核算按规定抵减的增值税应纳税额。